Een Amazoneprinses komt naar de wereld van de Mensheid, tijdens de greep van de Eerste Wereldoorlog, om de krachten van het kwaad te confronteren en een einde te maken aan het menselijke conflict.

Hellboy, zijn vriendin Liz met pyrokinetische krachten en de aquatische empath Abe Sapien staan voor hun grootste strijd wanneer een onderwereldse elfenprins van plan is om de Aarde terug te eisen voor zijn magische soortgenoten. Vermoeid van het leven in de schaduw van de mensheid, probeert Prins Nuada een eeuwenoude kracht van moordmachines, het almachtige Gouden Leger, te ontwaken om ruimte te maken voor fantasiewezens om vrij rond te dwalen. Alleen Hellboy kan de duistere prins stoppen en de vernietiging van de mensheid voorkomen.

De bescheiden Clark Kent werkt als journalist bij de Daily Planet, samen met zijn grote liefde, Lois Lane. Clark moet zijn alter ego als superheld oproepen wanneer de boosaardige Lex Luthor een plan lanceert om de wereld over te nemen.

Een gewone man doet een buitengewone ontdekking wanneer een treinongeluk zijn medepassagiers dood achterlaat - terwijl hij ongedeerd blijft. Het antwoord op dit mysterie zou kunnen liggen bij de mysterieuze Elijah Price, een man die lijdt aan een ziekte die zijn botten zo breekbaar maakt als glas.

Professor Charles Xavier en zijn team van genetisch begaafde superhelden worden geconfronteerd met een groeiende golf van anti-mutant sentiment, geleid door Kolonel William Stryker. Storm, Wolverine en Jean Grey moeten zich aansluiten bij hun gebruikelijke vijanden - Magneto en Mystique - om het plan van Stryker om alle mutanten uit te roeien te dwarsbomen.