De Borg, een meedogenloze ras van cyborgs, zijn rechtstreeks op weg naar de Aarde. Tegen bevelen in om uit de strijd te blijven, volgen kapitein Picard en de bemanning van het pas in dienst gestelde ruimteschip USS Enterprise E de Borg terug in de tijd om te voorkomen dat de indringers de geschiedenis van de Federatie veranderen en de melkweg assimileren.

Na jaren van oorlog bevinden de Federatie en het Klingon-rijk zich op de rand van een vredesconferentie wanneer een Klingonschip bijna vernietigd wordt door een schijnbare aanval van de Enterprise. Beide werelden maken zich klaar voor wat wellicht hun meest dodelijke confrontatie zou kunnen zijn.

Het is de 23e eeuw. Het Federatie-ruimteschip U.S.S. Enterprise is bezig met routinematige trainingsmanoeuvres en Admiraal James T. Kirk lijkt zich neer te leggen bij het feit dat deze inspectie wel eens de laatste ruimtemissie van zijn carrière zou kunnen zijn. Maar Khan is terug. Geholpen door zijn verbannen groep genetisch gemanipuleerde supermensen, Khan - briljante rebel van de 20e-eeuwse Aarde - heeft Space Station Regula One overvallen, een topgeheim apparaat genaamd Project Genesis gestolen, controle overgenomen van een ander Federatie-ruimteschip en zet de achtervolging in op de Enterprise, vastbesloten om niets in de weg te laten staan van zijn missie: Admiraal Kirk doden... zelfs als dat universele Armageddon betekent.

De nabije toekomst, een tijd waarin zowel hoop als tegenslagen de mensheid aanzetten om naar de sterren en verder te kijken. Terwijl een mysterieus fenomeen dreigt het leven op aarde te vernietigen, onderneemt astronaut Roy McBride een missie door de immense ruimte en zijn vele gevaren om de waarheid te onthullen over een verloren expeditie die decennia geleden moedig de leegte en stilte trotseerde in de zoektocht naar het onbekende.

De zeskoppige bemanning van het Internationaal Ruimtestation krijgt de opdracht om een monster van Mars te bestuderen dat mogelijk het eerste bewijs van buitenaards leven is, wat intelligenter blijkt te zijn dan ooit verwacht.