Caesar en zijn apen worden gedwongen tot een dodelijk conflict met een leger van mensen dat wordt geleid door een meedogenloze Kolonel. Nadat de apen onvoorstelbare verliezen lijden, worstelt Caesar met zijn duistere instincten en begint hij aan zijn eigen mythische zoektocht om wraak te nemen voor zijn soort. Wanneer de reis hen uiteindelijk oog in oog brengt, staan Caesar en de Kolonel tegenover elkaar in een epische strijd die het lot van beide soorten en de toekomst van de planeet zal bepalen.

Een groep wetenschappers in San Francisco probeert te overleven in de nasleep van een plaag die de mensheid uitroeit, terwijl Caesar probeert de dominantie te behouden over zijn gemeenschap van intelligente apen.

Een uiterst intelligente chimpansee genaamd Caesar leeft sinds zijn geboorte een vredig leven in een buitenwijk. Maar wanneer hij naar een wreed primatencentrum wordt gebracht, besluit Caesar in opstand te komen tegen degenen die hem kwaad hebben gedaan.

Wanneer Lou Bloom, wanhopig op zoek naar werk, zich een weg baant in de wereld van misdaadjournalistiek in L.A., vervaagt de grens tussen waarnemer en deelnemer, waardoor hij de ster wordt van zijn eigen verhaal. Nina, een doorgewinterde TV-nieuws veteraan, assisteert hem in zijn pogingen.

Deurmat Wesley Gibson ontdekt dat zijn pas vermoorde vader - die Wesley nooit heeft gekend - behoorde tot een geheime gilde van huurmoordenaars. Nadat een in leer geklede verleidster Wesley bij de gemeenschap betrekt, scherpt hij zijn aangeboren moordvaardigheden aan en wordt een wreker.