De geheime Amerikaanse ontvoering van een vermoedelijke terrorist uit zijn thuisland in het Midden-Oosten leidt tot een golf van terroristische aanslagen in New York. Een senior FBI-agent en zijn team proberen de vijandelijke cellen te lokaliseren en buiten gebruik te stellen, maar krijgen ook te maken met een legergeneraal die een schurkenstaat is geworden en een vrouwelijke CIA-agent met onzekere loyaliteit.

Piloot Whip Whitaker, worstelend met verslaving, maakt een miraculeuze noodlanding na een vliegtuigcrash, waarbij hij levens redt. Zijn heldendaad wordt overschaduwd wanneer onderzoek zijn verslaving blootlegt, wat hem in een diepe crisis brengt.

Op zijn eerste werkdag als narcotica-agent werkt een beginnende agent samen met een malafide rechercheur die niet is wat hij lijkt.

In een klein stadje in Louisiana wordt een zwarte sergeant dood aangetroffen bij een militaire basis. Kapitein Davenport, een zwarte militaire advocaat, wordt gestuurd om de zaak te onderzoeken. Hij stuit op weerstand en racisme, en moet door vooroordelen heen breken om de waarheid te ontdekken.

Na de Koude Oorlog wordt een afgescheiden Russische republiek met kernkoppen een mogelijke wereldwijde bedreiging. De Amerikaanse onderzeeër kapitein Frank Ramsey tekent op een relatief groene maar sterk aanbevolen Lt. Cmdr. Ron Hunter naar de USS Alabama, wellicht het enige schip dat een mogelijk Armageddon kan tegenhouden. Wanneer Ramsay erop aandringt dat de Alabama agressief moeten optreden, leidt Hunter, uit angst dat ze een ramp zullen veroorzaken in plaats van te stoppen, een mogelijke muiterij om hem tegen te houden.