De bemanning van het Federatie-ruimteschip Enterprise wordt opgeroepen naar Nimbus III, de Planeet van Intergalactische Vrede. Ze moeten onderhandelen in een ontvoeringszaak, maar komen erachter dat de ontvoerder een familielid van Spock is. Deze man is bezeten door zijn levenslange zoektocht naar de planeet Sha Ka Ree, die verondersteld wordt de bron van al het leven te zijn. Samen beginnen ze aan de zoektocht naar deze mysterieuze planeet.

Wanneer een buitenaards ras en facties binnen Starfleet proberen een planeet over te nemen die "regeneratieve" eigenschappen heeft, is het de taak van kapitein Picard en de bemanning van de Enterprise om zowel het volk van de planeet als de idealen waarop de Federatie zelf is gebaseerd, te verdedigen.

Onderweg naar de huwelijksreis van William Riker en Deanna Troi op haar thuisplaneet Betazed, ontvangt kapitein Jean-Luc Picard en de bemanning van de U.S.S. Enterprise bericht van Starfleet dat een coup heeft geleid tot de installatie van een nieuwe Romulaanse politieke leider, Shinzon genaamd, die beweert vrede te zoeken met de door mensen gesteunde Verenigde Federatie van Planeten. Eenmaal in vijandelijk gebied doet de kapitein en zijn bemanning een schokkende ontdekking: Shinzon is een mens, een slaaf afkomstig van de Romulaanse zusterplaneet Remus, en heeft een geheimzinnige en schokkende relatie met Picard zelf.

Kapitein Jean-Luc Picard en de bemanning van de Enterprise-D bevinden zich in conflict met de afvallige wetenschapper Soran, die complete stelsels vernietigt. Slechts één man kan Picard helpen om Sorans plan te stoppen... en hij is al achtenzeventig jaar dood.

Admiraal Kirk en zijn brugbemanning riskeren hun carrières door de buiten dienst gestelde Enterprise te stelen, zodat ze terug kunnen keren naar de verboden Genesis-planeet om het lichaam van Spock te herstellen.

Wanneer een destructieve ruimte-entiteit wordt waargenomen die zich naar de Aarde begeeft, neemt Admiraal Kirk het commando over het ruimteschip Enterprise weer op zich om het te onderscheppen, onderzoeken en hopelijk te stoppen.

Het is de 23e eeuw en een mysterieuze buitenaardse macht bedreigt de Aarde door de oceanen te laten verdampen en de atmosfeer te vernietigen. In een wanhopige poging om de mensheid te redden, moeten Kirk en zijn bemanning terugreizen in de tijd naar het San Francisco van 1986. Daar ontdekken ze een wereld vol punk, pizza en bussen waarvoor exacte betaling vereist is, die net zo vreemd zijn als alles wat ze ooit in de verste uithoeken van de melkweg hebben meegemaakt. Een spannend, actievol Star Trek-avontuur!

De bemanning van de USS Enterprise verkent de verste uithoeken van onbekende ruimte, waar ze een mysterieuze nieuwe vijand tegenkomen die hen en alles waar de Federatie voor staat op de proef stelt.