In Donnie Darko, een tiener die ternauwernood een vreemd ongeval overleeft, wordt gekweld door visioenen van een groot konijn dat hem aanzet tot misdaden, in een film die zowel een diepgaand mysterie als een mentale puzzel is. Roger Ebert benadrukte de film als een ervaring die opgelost moet worden, een reflectie van zijn complexe en intrigerende plot die kijkers aanspoort tot het delen van theorieën. Jake Gyllenhaal's vertolking van Donnie voegt een diepe emotionele laag toe, perfect vangend de angst en strijd van zijn personage, waardoor de film een meeslepende kijkervaring biedt.

Een kleine, ogenschijnlijk onschuldige plastic spoel met film leidt surveillancespecialist Tom Welles langs een steeds donkerder en angstaanjagender pad. Met behulp van de wereldwijze Max volgt hij genadeloos een bizar spoor van bewijs om het lot van een volstrekt vreemde te bepalen. Naarmate zijn werk verandert in obsessie, drijft hij steeds verder weg van zijn vrouw, familie en eenvoudige leven als privédetective in een kleine stad.

De vrouw van een Amerikaanse arts verdwijnt plotseling in Parijs en om haar te vinden, navigeert hij door een verwarrend web van taal, locatie, laissez-faire politieagenten, bureaucraten die formulieren in drievoud invullen en een uitdagende, mysterieuze jonge vrouw die meer weet dan ze vertelt.

Wanneer de eerste nucleaire onderzeeër van Rusland disfunctioneert tijdens haar maidentrip, moet de bemanning racen om het schip te redden en een nucleaire ramp te voorkomen.